L’Area Marina Protetta di Ustica, istituita già nel 1987, è stata la prima riserva istituita in Italia. Suddivisa in tre Aree, ha una superficie totale di quasi 16.000 ettari ai quali si aggiungono 14,45 Km di costa. La Zona A di riserva integrale comprende il tratto di mare delimitato dalle boe gialle luminose antistante Cala Sidoti. Qui sono vietati la navigazione, l’ormeggio e la sosta ad ogni tipo di imbarcazione, è inoltre interdetta l’attività della pesca e qualsiasi altra azione che possa provocare disturbo alla fauna ed alla flora marina. Sono consentite la balneazione e lo sorkelling. La Zona B di riserva generale  comprende il versante nord-occidentale dell’isola, da Punta Cavazzi a Punta Omo Morto. Sono consentite la navigazione da diporto, la pesca sportiva con lenza da fermo e da traino e le attività subacquee ad esclusione della pesca. La Zona C di riserva parziale comprende il versante sud-orientale. E’ consentito la navigazione e l’attracco. La pesca professionale è consentita solo ai pescatori locali muniti di apposita autorizzazione.

La Riserva Naturale di Ustica, da non confondersi con quella Marina, è stata istituita nel 1997. Al suo interno è possibile ammirare beni naturali di meravigliosa bellezza e paesaggi straordinari per varietà e suggestione. Sulla terraferma sono presenti macchia mediterranea, flora rupestre e, sugli scogli battuti dalle onde, sono presenti zone di vegetazione legate agli ambienti ricchi di salinità. Tra le specie stanziali e quelle migratorie si contano centinaia di varietà avi-faunistiche, fra queste decine di specie di rapaci e una specie di cicogna. La riserva è divisa in due zone: Zona A e Zona B. Numerosi limiti sono stati imposti a tutela e salvaguardia dei paesaggi e della natura. Si consiglia di consultare le regole prima di addentrarsi nella riserva.